Bruno, neuf ans, ignore totalement les terribles événements de l'Holocauste et les atrocités que son pays inflige à l'Europe. Tout a changé pour lui depuis qu'il a quitté sa confortable maison berlinoise pour un endroit isolé, sans camarades de jeu ni rien à faire. Tout bascule lorsqu'il rencontre Shmuel, un garçon qui vit de l'autre côté d'une clôture et qui, comme les autres habitants, porte un pyjama rayé. L'amitié de Bruno avec Shmuel le mène de l'innocence à la découverte. À mesure qu'il comprend ce qui se passe autour de lui, il se retrouve inévitablement impliqué dans ce processus horrible. Le voyage de Bruno révèle peu à peu la dure réalité de son environnement, et sa curiosité innocente entraîne des conséquences tragiques.