Les lignes peuvent nous diviser, mais l'espoir nous unira. Bruno, neuf ans, ignore les horreurs de l'Holocauste et de la Solution finale appliquée par son pays en Europe. Son univers n'existe que parce qu'il a dû quitter sa confortable maison berlinoise pour un endroit isolé, sans rien à faire et sans personne avec qui jouer. Tout bascule lorsqu'il rencontre Shmuel, un garçon qui vit de l'autre côté de la barrière et dont la vie se déroule dans une étrange réalité parallèle. Comme les autres habitants, Shmuel porte un pyjama rayé en guise d'uniforme. L'amitié de Bruno avec Shmuel le mène de l'innocence à la révélation. Dans son voyage pour découvrir ce à quoi il participe involontairement, il est irrémédiablement entraîné dans ce processus horrible.