Mary grandit en Inde. Après avoir perdu toute sa famille et son foyer à cause du choléra, elle est envoyée en Angleterre vivre chez son oncle, un homme qu'elle ne connaît pas et qui est souvent absent. Mary, âgée de seulement douze ans, n'a aucune connaissance en Angleterre. Heureusement, elle se découvre une passion pour la nature, qui lui trouve des alliés. Parmi eux, Dickon, le frère de sa servante Martha, qui devient son ami. Ensemble, ils parviennent également à attirer Colin, son cousin malade, à l'extérieur, offrant ainsi une fin optimiste à cette histoire classique. Dans les mois qui suivent, des miracles se produisent. Les graines plantées par Dickon et Mary fleurissent. Les tiges des fleurs dansent au vent, et les roses poussent luxuriantes autour des troncs et des branches des arbres. Chaque jour, le jardin secret s'épanouit davantage, se remplissant de vie, visible même à chaque heure. Les fleurs se révèlent peu à peu, l'air empli de parfum.