De negenjarige Bruno is zich totaal niet bewust van de verschrikkelijke gebeurtenissen tijdens de Holocaust en de gruwelijkheden die zijn land in Europa aanricht. Voor hem is alles veranderd sinds hij vanuit een comfortabel huis in Berlijn naar een afgelegen plek is verhuisd, waar hij geen speelkameraden heeft en niets te doen is. Dit verandert wanneer hij Shmuel ontmoet, een jongen die aan de andere kant van een omheining leeft en net als de andere mensen daar, gestreepte pyjama’s draagt. Bruno's vriendschap met Shmuel leidt hem van onschuld naar ontdekking. Terwijl hij begint te begrijpen wat er om hem heen gebeurt, raakt hij onvermijdelijk betrokken bij dit verschrikkelijke proces. Bruno's reis onthult langzaam de harde realiteit van zijn omgeving en zijn onschuldige nieuwsgierigheid brengt tragische gevolgen met zich mee.