Mary groeit op in India. Na het verlies van haar hele familie en hun huishouding aan cholera, wordt ze naar Engeland gestuurd om bij haar oom te wonen, een man die ze niet kent en die vaak afwezig is. Mary, slechts twaalf jaar oud, heeft geen kennissen in Engeland. Gelukkig ontdekt ze een passie voor de natuur, waarin ze medestanders vindt. Een daarvan is Dickon, de broer van haar kamermeisje Martha, die haar vriend wordt. Samen weten ze ook Colin, haar zieke neef, naar buiten te lokken, wat leidt tot een optimistisch einde van dit klassieke verhaal. In de volgende maanden gebeuren er wonderbaarlijke dingen. De zaadjes die Dickon en Mary hebben geplant, bloeien op. De bloemstelen dansen in de wind en rozen groeien weelderig rondom de boomstammen en takken. Elke dag bloeit de geheime tuin meer op en vult zich met leven, zichtbaar zelfs elk uur. De bloemen openbaren zich geleidelijk, hun lucht gevuld met geur.